В апреле 1480 года буллой Сикста IV ему даровано право, хотя он был «незаконнорожденным сыном кардинала-епископа и замужней женщины», доказать законность своего рождения, чтобы получить доступ к церковным бенефициям. В 1481 году король Арагонский признал законность его происхождения и присвоил ему право быть подданным королевств Арагона и Валенсии. Вследствие всего этого Сикст IV передал ему 10 июля 1482 года, когда мальчику было только 7 лет, пребенду капитула Валенсийского собора. Позже он был назначен папским протонотариусом, то есть стал высшим сановником папской канцелярии. 5 апреля 1483 года он получил еще одну должность каноника в Валенсии, а также сан ректора в Гандии и сан архидиакона в Хативе. В 1484 году он стал прево в Альбаре, потом в Хативе, а потом, по другой булле, он был назначен казначеем в Карфагене, когда ему только что исполнилось 9 лет. Все эти бенефиции, которые папа Сикст IV пожаловал Чезаре, в действительности исходили от его отца, Родриго, который таким образом отделял их от своего церковного имущества в королевстве Валенсия. И каждый раз король Арагона подтверждал назначение. И светское княжество Гандия оказалось окруженным княжеством церковным, принадлежавшим Борджиа в королевстве Валенсия еще со времен Каликста III.

Чезаре получил очень хорошее воспитание. До 12 лет он воспитывался в Риме, в 1488 году он отправился в Перуджу со своим наставником Джованни Вера, уроженцем Валенсии, впоследствии ставшим архиепископом Салернским и кардиналом. В университете он изучал право, но также гуманитарные науки в компании ученых испанцев. Одним из этих ученых был Франсиско Ремолинес де Илерда, позже ставший губернатором Рима и кардиналом. Другой, Паоло Помпилио, посвятил свой трактат о поэтическом искусстве и правилах стихосложения Syllabica «Чезаре Борджиа, протонотариусу папского престола». Пока он жил в Перудже, у него было несколько любовных приключений, и он присутствовал на мистическом состязании. Приор доминиканцев фра Себастьяно д’Анжело пригласил его присутствовать при религиозном экстазе молодой монахини сестры Коломбы. Приор, возможно, сомневался в подлинности этих демонстраций, но не запрещал их: это привлекало народ в его церковь. Братство францисканцев нанесло ответный удар, выставив на всеобщее обозрение девушку, на теле которой проступали стигмы, сестру Лючии Нарни. Позже, в 1495 году, когда Родриго, ставший папой, захотел удостовериться в заслугах двух кандидаток на звание святых, Чезаре подтвердил искренность сестры Коломбы.
В 1491 году молодой Борджиа переехал из Перуджи в Пизу, где посещал лекции по теологии Филиппо Дечио. Он встретился с молодым кардиналом Джанни Медичи, который уже заканчивал учебу. Там же, в Пизе, он узнал, что 12 сентября 1491 года папа Иннокентий VIII пожаловал ему епископство Памплонское: вскоре он назначил Мартина Сапата, каноника и казначея Толедо, администратором его епархии.