Положение французов в Неаполе осложняется: там их врагами становятся неизлечимые болезни, а особенно одна из них, до тех пор неизвестная, — сифилис. Швейцарские наемники покидают армию и возвращаются домой. Когда четырнадцать солдат и одна женщина проезжали через Рим, они были убиты и ограблены. Добыча оценивалась в 500 или 600 экю. Рассказывают, что Чезаре Борджиа организовал ловушку, чтобы отомстить за ограбление дома его матери во время первого пребывания французских войск. Такие нападения становятся обычными. Так, около Изолы, в нескольких лье к северу от Рима, был убит и ограблен сын кардинала де Сен-Мало: он вез 3000 экю.
Эти случаи являются доказательством явной перемены в настроениях: без страха нападают на тех, кто еще три месяца назад с гордым видом победителей проезжал по Вечному городу. Кроме Тосканы, вся Италия восстала против захватчика. В тот же день, когда римляне напали на швейцарцев — 1 апреля, в Венеции была создана так называемая оборонительная лига, в действительности направленная против Франции. В нее вошли папа, император, короли Испании, Милана и Венеции, чтобы обеспечить «мир в Италии, спасение христианского мира, защиту чести Святого престола и прав Римской империи». Александр VI обязался поставить 4000 всадников и 2000 пехотинцев, которые вместе с полками союзников образуют армию численностью 36 000 всадников и 18 000 пехотинцев. Дипломат Коммин, живущий при венецианском дворе, и кардинал де Сен-Мало сообщают королю Карлу о полном изменении политики папы. Король знает — теперь ему не стоит надеяться, что папа признает его государем Неаполя. 19 марта он направляет в Рим графа де Сен-Поля, Франциска Люксембургского, чтобы попросить в связи с завершением завоевания Неаполя назначения легата для его коронования. Александр на это ответил, что прежде королю следовало бы доказать законность своих прав в суде. 6 мая направляется новая делегация из кардиналов де Сен-Мало и де Сен-Дени и графа де Бресса: и снова неудача. Александр VI затронул чувствительную струну: его младший сын Джофре находился в Сицилии в качестве заложника сторонников Феррандино, а другой его сын — Хуан Гандийский — в Испании, в руках Фердинанда Арагонского. Он сожалел, что не может вручить королю буллу об инвеституре, даже за 100 000 дукатов, и ежегодную ренту в 50 000. Но теперь его сдерживали обязательства перед Венецией и Миланом, было очевидно, что на обратном пути французы будут наголову разбиты огромными по численности войсками коалиции.

Отступление короля Карла VIII произошло очень быстро: через неделю после церемонии интронизации 12 мая король и его 10 000 солдат, нагруженные трофеями, таща за собой тяжелые пушки, покидают Неаполь. Его поредевшая армия еще способна нанести ущерб в провинциях Церкви, а папа не набрал армии наемников, обещанной Венецианской лиге. Из соображений безопасности папа решает скрыться. Когда 30 мая Карл подъезжает к воротам Рима, папа уже далеко. Он уехал в Орвието в сопровождении миланского и венецианского эскорта. Добравшись до своего убежища, 1 июня он громогласно заявляет, что из Витербо и Монтефьясконе он вызвал всю имеющуюся в наличии в этих городах артиллерию, чтобы неотступно преследовать французов. Но это оказывается всего лишь бахвальством. Но все сопротивление выразилось в его совете, данном римлянам: оказать королю хороший прием, чтобы избежать репрессий. Когда в этот же день, 1 июня, Карл вступает в Рим, его весьма любезно приветствуют именитые горожане и кардинал Паллавичини от имени Святого престола. Кардинал предлагает ему разместиться в апартаментах папы в Ватикане, но король отказывается и отправляется в дом кардинала Доменико делла Ровере в Борго. Его пугает чрезмерная вежливость папы, как сам он пугает римлян. Французская армия пока еще опасна. Все испанцы покинули город — в нем больше не осталось провокаторов, но король требует от своих солдат строгой дисциплины. «Они были похожи на монахов», — пишет венецианец Гвидиччьони. Известные своей мстительностью швейцарцы стояли лагерем в Тестаччо — на месте бывшей римской свалки. Демонстрируя добрую волю, король направляет своего советника Перона де Баски в Орвието, прося папу о встрече. Но папа скорее готов отправиться в Анкону, а оттуда в Венецию, если возникнет такая необходимость, чем встречаться с королем. Карл не настаивает, 3 июня он покидает Рим.
Успокоенный Александр возвращается в свою столицу как раз в тот момент, когда Карл пересекает Апеннины на границе с Тосканой. 6 июля происходит битва при Форново, но она не останавливает французов, которым удалось избежать полного поражения. Но в Риме и Венеции это столкновение отпраздновано как начало безоговорочного ухода захватчика. В литературе разгорелись бурные споры, высмеивающие короля Франции и его солдат: их обвиняют во всех несчастьях, обрушившихся на Италию, и среди прочих — в распространении ужасной венерической болезни, которой многие из них заразились в Неаполе.
В итоге Александр с радостью констатирует, что теперь Антихристом считают короля Франции. А сам он использует эту ситуацию, чтобы представить себя нравственным защитником Италии от презренного захватчика. Так как французы теперь не в состоянии ему навредить, он яростно выступает против них. 30 июля, угрожая духовными наказаниями, он запрещает швейцарцам отправлять войска Карлу VIII и герцогу Орлеанскому, осажденному в Новаре. 5 августа по просьбе венецианцев он публикует увещевательное послание, грозящее отлучением королю Франции. Он снова добродетельно возвращается к союзу с арагонским королем Неаполя Феррандино и направляет к нему кардинала Монреальского для восстановления всей полноты его прав. Из французского лагеря переманивает Просперо и Фабрицио Колонна. Он побуждает Людовико Моро и его брата Асканио направить Феррандино 500 солдат и войско пехотинцев, чтобы разгромить французского вице-короля Монпансье. А в октябре он посылает легата Лионелло Кьерегато к императору Максимилиану с просьбой лично прибыть в Италию, чтобы очистить полуостров от союзников Франции. Наконец, 9 ноября, когда он узнает, что Карл VIII перешел через Альпы, Александр направляет Феррандино свои войска: 500 пехотинцев, 100 рейтар и конницу из 100 арбалетчиков. Пушки папской артиллерии, перевезенной в Неаполь, нацелены на Шато-Неф, что вызывает его капитуляцию, следом — в феврале 1496 года — капитулирует замок Яйца. Но несмотря на неслыханные военные усилия врагов, французы одерживают верх. Им удается закрепиться в Калабрии, Абруцци и на Возделанных равнинах. В начале 1496 года флотом в Гаэту им доставляют продовольствие, снаряжение и подкрепление в 2000 человек. Вирджинио Орсини и его родственники присоединяются к ним из ненависти к Колонна, которых папа сделал союзниками Феррандино. Однако Александр очень ясно оценивает ситуацию. Он считает, что несмотря ни на что французы проиграли, и решает укрепить свой союз с участниками коалиции. Он принимает в Риме маркиза Мантуанского Франциска де Гонзага, главного капитана лиги, который ведет военную кампанию в Неаполе. Ему организована грандиозная встреча. 26 марта 1496 года льет проливной дождь, но толпы римлян встречают кортеж. Когда маркиз проезжает через мост Сант-Анджело, его приветствует стрельба пищалей замка. Для встречи с ним в Ватикане папа надел, вызвав всеобщее удивление, черно-зеленый папский убор, принадлежавший Бонифацию IX в начале века, как свидетельство преемственности в веках папской власти: всю свою светскую и духовную власть он отдает делу священной борьбы за освобождение Италии от варваров.
На следующий день, в Вербное Воскресенье, Франциск де Гонзага занимает почетное место на четырехчасовой мессе. Папа вручает ему первую благословенную пальмовую ветвь, а потом золотую розу как знак исключительной милости Святого престола. Затем папа дает отдельную аудиенцию, чтобы из уст очевидца услышать рассказ о битве в Форново, где маркиз, согласно сообщениям из Венеции, одержал победу над Карлом VIII. В понедельник Гонзага отправляется в королевство Неаполитанское, куда уже выехал в качестве легата сын папы, Чезаре Борджиа. 18 марта кардинал Валенсийский проезжает по улицам столицы в сопровождении своего брата Джофре, князя Сквиллаче и его шурина Альфонсо Арагонского — внебрачного сына Альфонса II и его любовницы Трусии Газуллы. Он объявляет о заключении семейного союза между Борджиа и Арагонами.
Новая кампания против французов оказывается более успешной. Войска лиги, усиленные армией Гвидобальдо Урбинского, вынуждают герцога де Монпансье запереться в Ателле, Базиликат: он капитулирует 20 июля 1496 года. Его союзник Вирджинио Орсини также сдается, и, чтобы доставить удовольствие папе, его сажают в карцер замка Яйца. 28 июля архиепископ Неаполитанский приказывает отпраздновать этот успех процессиями и пением Те Deum. Всю ночь Неаполь освещен. На улицах и площадях народ танцует от радости. И эта радость удваивается, когда становится известно, что последние сторонники французов взяты в плен в Абруцци и среди них — Джанджордано, сын Вирджинио Орсини.
Александр VI предлагает европейским державам присоединиться к травле Франции. До сих пор нейтральная Англия вступает в Венецианскую лигу 18 июля. В августе во главе войска в 4000 человек в Ломбардию прибывает Максимилиан Австрийский. Александр просит дожа помочь императору в этом начинании: «Ошибочно полагать, что не надо сражаться с французами под предлогом, что сейчас они с нами не воюют. Они упрямо не сдают позиции в королевстве Неаполитанском и продолжают оккупировать Остию. Каждый день они отправляют в Италию войска и боевое снаряжение. В Гаэту постоянно прибывают их военные корабли. Все их поведение свидетельствует о том, что они ведут настоящую войну…»
Сам понтифик не может оказать финансовую поддержку императору Карл VIII лишил его регулярных источников поступления денег — расходы, понесенные в связи с раздачей церковных бенефиций во Франции. Субсидии, обещанные Максимилиану Венецией и Миланом, тоже не поступают. После тщетных попыток вырвать Ливорно из рук флорентийцев — друзей Франции, осенью ему удается отвоевать Тирольскую дорогу. После этой печально закончившейся экспедиции Александр убеждается, что в случае необходимости он может рассчитывать только на самого себя, чтобы предотвратить угрозу французского нашествия и возможные репрессии.